یکی از دلایلی که سازمان لیگ و فدراسیون فوتبال به سمت تدوین دستورالعمل سقف بودجه و نظارت بر قراردادها رفت ، ناتوانی ۱۰ باشگاه از ۱۶ باشگاه لیگ برتری در اخذ مجوز حرفه‌یی بود . پارسال تنها ۶ باشگاه سپاهان ، گل‌گهر ، تراکتور ، پرسپولیس ، نساجی و فولاد توانستند مجوز حرفه‌یی بگیرند و باقی باشگاه‌ها در این امر ناکام بودند .
با گذشت یک سال از اعمال قوانین جدید و اجرای نسبی آن ها ، تعداد باشگاه‌هایی که مجوز حرفه‌یی AFC و ملی اخذ کردند به ۱۱ تیم افزایش پیداکرد و تنها ۵ باشگاه استقلال خوزستان ، ذوب آهن اصفهان ، صنعت نفت آبادان ، مس رفسنجان و ملوان بندرانزلی مجوز حرفه‌یی نگرفتند تا تعداد باشگاه‌های بدون مجوز حرفه‌یی نصف شود .
با وجود پیشرفت فوتبال ایران در این زمینه ، خطر بزرگی در کمین ۳ باشگاه از ۵ باشگاه لیگ برتری است که مجوز حرفه‌یی نگرفته‌اند . ماجرا از این قرار است که طی دو سال گذشته مدیران فدراسیون فوتبال چندین بار عنوان کردند که باشگاه‌هایی که سه دوره ی پیاپی نتوانند مجوز ملی را اخذ کنند ، به احتمال زیاد از لیگ برتر حذف می‌شوند .
به عنوان مثال سال گذشته منصور قنبرزاده ، نایب رییس دوم فدراسیون فوتبال گفته بود : «AFC هر سال با توجه به این که لیگ برتر ایران حرفه‌یی است ، معیارهای سخت‌تری اعمال می‌کند . برای مثال اگر باشگاهی سه دوره نتواند مجوز ملی بگیرد ، قاعدتاً نباید در لیگ برتر فعالیت کند . قانون تجارت هم همین را می‌گوید . ماده ی ۱۴۱ قانون تجارت می‌گوید که اگر شرکتی در سه دوره ی مستمر زیان‌ده باشد ، هر یک از سهام‌داران می‌توانند تقاضای انحلال کنند . این منطق تجاری ماجراست و باشگاه‌ها هم در قالب یک شرکت تجاری فعالیت می‌کنند» .
در همین راستا در بین ۵ باشگاهی که مجوز نگرفته‌اند ، با کنار گذاشتن استقلال خوزستان که یک دوره مجوز حرفه‌یی نگرفته و صنعت نفت آبادان که سقوط کرده ، سه باشگاه ذوب‌آهن ، مس رفسنجان و ملوان در خطر نگرفتن مجوز ملی برای سومین سال پیاپی قراردارند . با این اوصاف این سه باشگاه در صورتی که در لیگ بیست و چهارم هم نتوانند مجوز حرفه‌یی بگیرند ، باید منتظر جرایم سنگین و حذف از بیست و پنجمین دوره ی لیگ برتر باشند . البته در این روزها باتوجه به پرونده ی فساد در فوتبال در باشگاه مس رفسنجان ، ممکن است این باشگاه به سقوط به لیگ دسته یک محکوم شود .
